نسب شریف امامزاده مدفون در این بقعه با یک واسطه به امام هفتم (علیه السلام) منتهی می شود که از قرار ذیل است:
سیدابراهیم بن احمد بن الامام موسی الکاظم (علیه السلام) وی مکنی به ابواسماعیل و معروف به شاه ابراهیم (علیه السلام) از سادات جلیل القدر و بسیار بزرگوار قم بود. او به همراه پدرش در این بقعه مدفون است.
دو امامزاده به این نام در داخل شهر قم وجود دارد:
الف: امامزاده ابراهیم (بخشی) واقع در خیابان امامزاده ابراهیم.
ب: امامزاده ابراهیم واقع در گلزار شهداء جنب بقعه منسوب به على بن جعفر (علیه السلام).
بنا به گفته ی علامه نسابه سیدشهاب الدین مرعشی (رحمة الله علیه) امامزاده شاهزاده ابراهیم در سال چهارصد هجری وفات یافته و ساختمان بقعه او به امر ابواسماعیل ابراهیم طباطبا مؤلف کتاب منتقله الطالبیه بنا شده است. ظاهراً شاهزاده ابراهیم در قم متولد شد و در این شهر ازعلمای فن دانش و زهد آموخت و صاحب علم و کمال شد.